El café, como muchas otras bebidas, contiene compuestos químicos naturales como los polifenoles que influyen en su sabor y características sensoriales. Uno de estos compuestos son los taninos que están asociados a un sabor astringente y amargo, si están presentes en concentraciones considerables en las bebidas o alimentos; también los flavonoides suelen asociarse con características como la acidez y un amargor suave, aportando notas afrutadas o florales a las bebidas. El objetivo de esta investigación fue evaluar el contenido de taninos y flavonoides, en muestras de café de especialidad de Panamá (verde y tostado), cultivado en la provincia de Chiriquí, utilizando la técnica de espectrofotometría UV/VIS. Se analizaron un total de 123 muestras de café, de las cuales 45 correspondían a café verde y 78 a café tostado. Posteriormente, se agruparon por la variedad y tratamiento. Para la cuantificación, se consideraron parámetros como el límite de detección, el límite de cuantificación y la linealidad utilizando el método de extrapolación cero. Además, se realizaron análisis estadísticos descriptivos, pruebas de normalidad, detección de datos anómalos y pruebas de U de Mann-Whitney y t de Student para la comparación de las medias. Se comprobó que el café Geisha verde, con proceso y lavado, presenta mayor concentración de taninos y flavonoides en comparación con el café Geisha tostado con proceso y lavado. Por último, se observó una diferencia estadísticamente significativa, entre las variedades Geisha lavado y tradicional lavado, ambas en su forma tostada. Los resultados obtenidos muestran una diferencia significativa entre las concentraciones de los polifenoles en el café de especialidad (verde y tostado), con un mayor contenido de taninos y flavonoides en el café verde. Esto indica que en el tratamiento de tostado algunos compuestos polifenólicos del café verde se degradan o se convierten en otros compuestos.