Las micotoxinas Alternarias son un conjunto de micotoxinas producidas por los hongos Alternaria spp., que se encuentran dentro de las denominadas ""micotoxinas emergentes". Debido a su alta incidencia en los productos alimenticios y su potencial tóxico, estas micotoxinas suponen nuevos desafíos de métodos analíticos para su detección. Por lo que el objetivo de esta investigación fue determinar la incidencia natural y los niveles de las micotoxinas de Alternaria spp. en tomates y pastas de tomate producidos en Panamá, mediante un método analítico eficaz. Para ello se analizaron 10 muestras de tomate procedentes de tres fincas productoras del distrito de Tierras Altas de Chiriquí, Panamá y 10 muestras de pastas de tomate de dos marcas comerciales producidas con tomates panameños. Se aplicó un Ensayo de Dilución de Isótopos Estables (SIDA) y la técnica de LC-MS/MS. Los valores de límites de detección para este estudio fueron de 0.07, 002 y 0.45 ug/kg para AOH, AME y TeA y los límites de cuantificación de 0.20, 0.06 y 1.4 ug/kg para AOH, AME y TeA, respectivamente.Se encontró que todas las muestras de tomate y pastas de tomate contenían niveles detectables de AOH y AME. Los tomates contenían niveles de AOH en un rango de 0.58-5.33 g/Kg y de AME de 0.29-3.96 ug/Kg; mientras que las pastas de tomates contenían niveles de 1,77- 8.12 ug/Kg de AOH, 0.74-7.03 ug/Kg de AME y 29.19-37.99 ug/Kg de TeA. Se encontró además una alta correlación entre las micotoxinas AOH y AME (r-0,95, P<0.01) tanto en las muestras de tomate como en pastas de tomate. Los resultados obtenidos indican que los niveles de las micotoxinas encontrados son bajos; sin embargo, sugieren que la contaminación por Alternaria en tomates y pastas de tomates, es latente por lo que se requieren más estudios y monitoreos para lograr un mayor control, vigilancia y prevención del consumo de alimentos contaminados con micotoxinas para asegurar una mayor inocuidad alimentaria.