La salmonelosis representa un desafío de salud pública en Panamá y el mundo, especialmente por la vigilancia epidemiológica, la complejidad de identificación y contención de brotes, y la emergencia de linajes con resistencia antimicrobiana. El objetivo principal fue caracterizar genómicamente aislamientos clínicos de Salmonella enterica, específicamente los clasificados como serovares Enteritidis y Typhimurium mediante secuenciación de genoma completo. Se llevó a cabo un estudio descriptivo-analítico de 79 cepas (n=42 Enteritidis y n=35 Typhimurium) seleccionadas del Laboratorio Central de Referencia en Salud Pública de Panamá, empleando la plataforma EnteroBase para la serotipificación in silico y detección de genes de resistencia, y las herramientas SPIFinder y Plasmid Finder de CGE para la detección de determinantes de virulencia y resistencia como las islas de patogenicidad y plásmidos. Entre los hallazgos más relevantes se encuentran la reclasificación de la mayoría de las cepas de S. Typhimurium como la variante monofásica 1,4,[5],12:i:- (n=20), el análisis de los métodos de patogenicidad de la bacteria con una presencia casi universal de las islas de patogenicidad SPI-14, SPI-6 y SPI-3, además de los plásmidos de virulencia IncFII(S) e IncFIB(S), lo que correlaciona con la alta incidencia de casos extraintestinales. Los resultados demuestran que la Secuenciación de Genoma Completo posee una resolución de mayor poder diagnóstico que los métodos tradicionales (serotipificación por antisuero y antibiograma por difusión en plato), revelando nuevos datos que resaltan la necesidad urgente de realizar la transición hacia un nuevo enfoque para la gestión clínica más precisa