El objetivo principal de este trabajo fue evaluar el efecto de influencia de las estructuras de tres tipos de agroecosistemas cafetaleros y sus bosques asociados en la biodiversidad y la tasa de detección de mamíferos, utilizando cámaras trampa. Las cámaras se distribuyeron en 10 fincas cafetaleras; cada estación se situó a una distancia entre 250 m y 500 m, sumando un total de 36 estaciones de monitoreo, operando durante cuatro meses (12 de octubre de 2023 a 9 de marzo de 2024, un total de 3256 noches/trampa). Las estaciones se ubicaron con transectos aleatorios; se utilizaron dispositivos data loggers para la descripción de las condiciones microclimáticas de humedad y temperatura de cada sitio. Los datos resultantes se procesaron mediante los programas Wildlife Insights y RStudio, lo que permitió identificar un total de 3256 imágenes de eventos independientes, correspondientes a una riqueza de 9 órdenes, 17 familias y 28 especies de mamíferos. Los resultados revelaron variabilidad en la diversidad de especies según el tipo de agroecosistema o bosques. En el estrato de policultivo de café bajo sombra (A), se registraron 1003 eventos independientes y se identificaron 21 especies. En el monocultivo de café parcialmente bajo sombra (B), con 719 eventos independientes, y se identificaron 22 especies, destacando la dominancia de ciertas especies. En el monocultivo de café a pleno sol (C), con 1211 eventos independientes, se registraron 19 especies, presentando una dominancia aún más pronunciada de ciertas especies. Por último, en el estrato de áreas boscosas (D), se registraron 819 eventos independientes, alcanzando 21 especies, y destacando una mayor equidad en la distribución de las especies. Este estudio también permitió identificar especies de mamíferos en peligro de extinción, como Panthera onca (jaguar), clasificado como “en peligro” en el Apéndice I del Convenio sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres, y Tapirus bairdii, clasificado como “en peligro crítico” y también incluido en el Apéndice I de CITES. Además, se documentaron especies como Leopardus pardinoides (oncilla), Puma concolor (puma), Herpailurus yagouaroundi (yaguarundí), Pecari tajacu (saíno), Leopardus pardalis (ocelote), igualmente incluido en el Apéndice I, Cuniculus paca (conejo pintado), figura en el apéndice III, Cebus imitator (mono carablanca), Mazama temama (venado de montaña) y Sylvilagus dicei (conejo de montaña), todas afectadas por la pérdida de hábitat y los cambios ambientales. Los distintos tipos de agroecosistemas cafetaleros presentaron una menor biodiversidad en comparación con los bosques naturales; los resultados indicaron que todavía conservan una variedad significativa de especies. Los índices de diversidad Shannon-H y Simpson indican que los sistemas de policultivo de café bajo sombra (Shannon-H = 2.207; Simpson = 0.827) y los bosques asociados (Shannon-H = 2.300; Simpson = 0.878) tienen ecosistemas más equilibrados y diversos. La implementación de prácticas agrícolas sostenibles que favorezcan la heterogeneidad del hábitat y la creación de microhábitats es crucial para la conservación de la biodiversidad en estos ecosistemas. La fragmentación del hábitat y la presencia humana deben ser abordadas para asegurar la viabilidad de las especies en peligro y a su vez la realización de estudios detallados sobre la diversidad y los patrones según las actividades antropogénicas y su influencia en las estructuras de la comunidad de mamíferos estudiados.