La tuberculosis (TB) es una enfermedad global infectocontagiosa de alta prioridad debido a su patogenicidad y facilidad de propagación. En Panamá, la TB, causada por Mycobacterium tuberculosis, presenta desafíos significativos, especialmente en provincias como Chiriquí, Colón, Panamá y las comarcas Guna Yala y Ngäbe-Buglé, donde la incidencia es elevada. El Hospital Materno Infantil José Domingo de Obaldía (HMIJDO) en Chiriquí juega un papel crucial en el diagnóstico y tratamiento de casos de TB, especialmente provenientes de la Comarca Ngäbe-Buglé y Bocas del Toro. El HMIJDO facilita el aislamiento microbiológico de la cepa bacteriana M. tuberculosis, permitiendo la caracterización y genotipado de cepas implicadas en los casos de TB. La investigación se centra en caracterizar aislados del complejo M. tuberculosis del HMIJDO en 2017, 2019 y 2021, utilizando la reacción en cadena de la polimerasa con oligonucleótidos de alelo específico (ASO-PCR), un método molecular y genómico para rastrear cepas de alta transmisión. Los resultados revelaron la presencia de cepas A del linaje 2 (3.5%), cepas B del linaje 4 genotipo Haarlem (2.4%), y cepas C del linaje 4 genotipo LAM (5.8%). Además, se identificaron cepas con resistencia a fármacos como rifampicina, isoniacida y MDR. Se detectaron posibles cepas mixtas, lo que complica el análisis y requiere pruebas adicionales. El estudio proporciona una visión detallada de la distribución de los linajes de M. tuberculosis en la provincia de Chiriquí y áreas cercanas, identificando 10 cepas de M. tuberculosis, algunas asociadas con una mayor transmisión previamente registrada en Panamá y Colón. Este análisis contribuye a la comprensión de la epidemiología de la TB en la región y destaca la importancia de abordar la resistencia a fármacos y las cepas de alta transmisión para mejorar las estrategias de control de la enfermedad.Tuberculosis (TB) is a high-priority global infectious disease due to its pathogenicity and ease of spread. In Panama, TB, caused by Mycobacterium tuberculosis, presents significant challenges, especially in provinces such as Chiriqui, Colon, Panama and the Guna Yala and Ngäbe-Bugle region, where the incidence is high. The Hospital Materno Infantil José Domingo de Obaldía (HMIJDO) in Chiriqui plays a crucial role in the diagnosis and treatment of TB cases, especially from the Ngäbe-Bugle and Bocas del Toro region. The HMIJDO, facilitates the microbiological isolation of the bacterial strain M. tuberculosis, allowing the characterization and genotyping of strains implicated in TB cases. This research focuses on characterizing and isolating strains of M. tuberculosis complex gathered from HMIJDO in 2017, 2019, and 2021, using allele-specific oligonucleotide polymerase chain reaction (ASO-PCR), a molecular and genomic method for tracking high-transmission strains. The results revealed the presence of strains A of lineage 2 (3.5%), strains B of lineage 4 Haarlem genotype (2.4%), and strains C of lineage 4 LAM genotype (5.8%). In addition, strains with resistance to drugs such as rifampicin, isoniazid, and MDR were identified. Possible mixed strains were detected, which complicates the analysis and requires additional testing. This study provides insights into the distribution of M. tuberculosis lineages in the province of Chiriqui and nearby areas, identifying 10 strains of M. tuberculosis, some of these associated with increased transmission previously reported in Panama and Colon. This analysis contributes to the understanding of TB epidemiology in the region and highlights the importance of addressing drug resistance and high-transmission strains to improve disease control strategies.