In lotic and lentic systems, fungal activity is very significant, because they are a primary bridge in the energy transfer in the trophic chain, they are the links of the fundamental food chain in the recycling of nutrients and in the regulation of the aquatic ecosystem. here where we find the aquatic Hyphomycetes which are a group of microscopic imperfect fungi. From the ecological and biotechnological point of view, they are of great importance due to the enzymatic battery they possess, on the tissues of the leaves due to the degradation of the polymers of plant cells such as cellulose, hemicellulose and pectin and probably lignin, producing amylases, cellulases, pectinases, proteases, pyrocatenal oxidases, triacyl glycerol lipases and xylanases, which facilitates the palatability of the leaf so that other organisms feed on it. In addition, some of these fungi are capable of degrading animal parts, such as the exoskeleton of insects, mammalian hairs and fish scales. With a high bioremediation and industrial value, the metabolic products could be massified through biotechnological techniques and directed to industrial uses in waste decomposition management, as well as, in the acceleration of the treatment of raw material of plant origin, among others. These fungi are mostly found in streams of clear, clean water with good aeration, although some have adapted to waters with certain levels of contamination, highlighting that high rate of diversity of these fungi are related to good water quality, due to good physicochemical and microbiological conditions in these ecosystems. Knowledge of Hyphomycetes and its diversity index is of great value in determining water quality. Aquatic Hyphomycetes were collected from submerged litter and foam from the Río Palo Alto, in areas with moderate current. 65 species of Hyphomycetes distributed in 32 genera were identified. This distribution according to the basin level was 22 genera in the upper basin, 27 genera in the middle and 20 genera in the lower one. The result of the Shannon-Wiener diversity index was 2.90, this indicates that there is a high diversity. And 37 new species were reported for Panamá. This micro-basin of the Palo Alto River is considered as a little altered natural system.En los sistemas lóticos y lénticos, la actividad fúngica es muy significativa, porque son un puente primordial en la transferencia energética en la cadena trófica, son los eslabones de la cadena alimentaria fundamental en el reciclaje de nutrientes y en la regulación del ecosistema acuático, es aquí donde encontramos a los Hyphomycetes acuáticos que son un grupo de hongos imperfectos microscópicos. Desde el punto de vista ecológico y biotecnológico, son de gran importancia por la batería enzimática que poseen, sobre los tejidos de las hojas por la degradación de los polímeros de las células vegetales como celulosa, hemicelulosa y pectina y probablemente lignina, produciendo amilasas, celulasas, pectinasas, proteasas, pirocatenal oxidasas, triacil glicerol lipasas y xilanasas, la cual facilita la palatabilidad de la hoja para que otros organismos se alimenten de ella. Además, algunos de estos hongos son capaces de degradar partes animales, como el exoesqueleto de insectos, pelos de mamíferos y las escamas de peces. Con un alto valor biorremediativo e industrial, los productos metabólicos mencionados, podrían masificarse mediante técnicas biotecnológicas y dirigida a usos industriales en manejo de descomposición de desechos, así como también, en la aceleración del tratamiento de la materia prima de origen vegetal, entre otros. Estos hongos se encuentran en su mayoría en corrientes de agua clara, limpia y con buena aireación, aunque algunos se han adaptado a aguas con ciertos niveles de contaminación, destacan que índices elevados de diversidad de estos hongos están relacionados a la buena calidad de agua, debido a buenas condiciones fisicoquímicas y microbiológicas en estos ecosistemas. 2 El conocimiento de Hyphomycetes y su índice de diversidad es de gran valor para determinar la calidad del agua. Se recolectaron Hyphomycetes acuáticos presentes en hojarascas sumergidas y en espuma del Río Palo Alto, en áreas con moderada corriente. Se identificaron 65 especies de Hyphomycetes distribuidos en 32 géneros. Está distribución de acuerdo con el nivel de cuenca fue de 22 géneros en la cuenca alta, 27 géneros en la media y 20 géneros en la baja. El resultado del índice de diversidad de Shannon-Wiener fue de 2.90 esto índica que hay una alta diversidad. Y se reportaron 37 nuevas especies para Panamá. Esta microcuenca del Río Palo Alto se considera como un sistema natural poco alterado.