La metodología que implemente el docente en la modalidad de enseñanza virtual es tratado como una dinámica que favorece mejoras a la formación integral de los estudiantes y a su vez ofrece apoyo a los docentes, para llevar a cabo el desarrollo y seguimiento del aprendizaje. El objetivo del presente estudio es analizar la metodología de enseñanza en la modalidad virtual y su influencia en el aprendizaje autónomo en estudiantes del Departamento de Educación Especial de la Facultad de Pedagogía y Educación Especial de la Universidad Especializada de las Américas, Extensión de Veraguas, para determinar si la metodología que utiliza el docente en la enseñanza en la modalidad virtual influye en el aprendizaje autónomo de los estudiantes. La investigación que se ha desarrollado es de tipo descriptiva explicativa de corte transversal, con un diseño no experimental u observacional, mediante una muestra de 218 estudiantes tomados de un muestreo estadístico estratificado proporcional aleatorio de la población estudiantil de las Licenciaturas en Educación especial, Estimulación temprana y Orientación familiar y Dificultades de Aprendizaje; además de 23 docentes que atienden las diferentes carreras del departamento en estudio, utilizando un muestreo simple. Mediante análisis de regresión lineal simple, para establecer el grado de asociación que existe entre la enseñanza en la modalidad virtual y el aprendizaje autónomo; se comprobó que la significancia global del modelo resultó significativa (denotado por valor crítico de F 3.99E-12 < 0,05), de igual manera los coeficientes del intercepto y la variable modalidad virtual resultaron significativos al 1% y al 5%. Mediante el coeficiente de correlación (R = 0.447383) se estableció que existe una correlación moderada explicada en un 20% por el coeficiente de determinación (Rˆ2 = 0.200152)The methodology implemented by the teacher in the virtual teaching modality is treated as a dynamic that favors improvements in the comprehensive training of students and at the same time offers support to teachers to carry out the development and monitoring of learning. The objective of the present study is to analyze the teaching methodology in the virtual modality and its influence on autonomous learning in students of the Department of Special Education of the Faculty of Pedagogy and Special Education of the Specialized University of the Americas, Extension of Veraguas, to determine if the methodology used by the teacher in teaching in the virtual modality influences the autonomous learning of the students. The research that has been developed is of a descriptive explanatory cross-sectional type, with a non experimental or observational design, through a sample of 218 students taken from a random proportional stratified statistical sampling of the student population of the Bachelor's Degrees in Special Education, Early Stimulation and Family Guidance and Learning Difficulties; in addition to 23 teachers who attend the different careers of the department under study, using simple sampling. Through simple linear regression analysis, to establish the degree of association that exists between virtual teaching and autonomous learning; It was found that the global significance of the model was significant (denoted by the critical value of F 3.99E-12 < 0.05), likewise the coefficients of the intercept and the virtual modality variable were significant at 1% and 5%. Using the correlation coefficient (R = 0.447383) it was established that there is moderate correlation explained in 20% by the determination coefficient (Rˆ2 = 0.200152).